Navigációs menü

Gombás szaprobák vagy paraziták

Genomics Absztrakt A zygomycete gomba, a Choanephora cucurbitarum egy növényi kórokozó, amely virágcserét okoz az uborkákban és más növényekben. Az összeszerelt genom mérete 29, 1 Mbp és 11 protein kódoló gén. A genomelemzés azt mutatta, hogy a C. A genom 11 gént tartalmazott Streptomyces szubtilizin inhibitor-szerű doménnel, amely fontos szerepet játszik a növényi immunitás elleni védelemben.

Ezt a domént csak a bakteriális genomokban találták. A szénhidrát-aktív enzimelemzés ebben a genomban CAZim-t észlelt, ahol a 6-os szénhidrát-észterázcsalád, amely ritkán található a dikarióta gomba genomokban, viszonylag gazdagodott. Az összehasonlító genomelemzés kimutatta, hogy a szexuális kommunikációhoz kapcsolódó gének, például a β-karotin és a triszporinsav bioszintézise konzerváltak, és a zygomycete genomok kialakulása során eltérnek.

Összességében ezek az eredmények segítenek abban, hogy megértsük, hogyan kapcsolódnak a zygomycetes növényekhez. Bevezetés A Fungi királyság kritikus szerepet játszik az 1-es szén-ciklusban, valamint más élő szervezetekkel való kölcsönhatásban.

A zygomycetes a 2, 3- as gombafejlődés korai szakaszában különbözött, és különböző ökológiai típusokkal rendelkezett, amelyek magukban foglalják a növényi és állati kórokozót 4, 5, 6, 7, 8, 9 -et, 10 szaprobétákat és más gombafajok parazitáit A Mucorales a zygomycetes legnagyobb és legjobban tanulmányozott kládja.

Orsóféreg, ostorféreg, galandféreg, szívféreg, bőrféreg, tűdőféreg...

A Mucorales gomba Choanephora cucurbitarum egy nekrotróf növényi kórokozó, amely gyümölccsel és virágzó rothadással jár az uborkákban és más növényekben, beleértve a padlizsánt, a squashot, a jégnövénytaz okra-t, a sütőtöket és a petúniát, különböző fokú súlyossággal 12, 13, 14, 15, 16, A gomba által okozott fertőzés gyakran meleg és nedves éghajlaton, például trópusi és szubtrópusi területeken fordul elő Több tucat Mucorales-genomot szekvenáltak, köztük az opportunista humán patogén Rhizopus delemar et, az olívaolaj Mucor circinelloides ata humán patogén Lichtheimia corymbifera 21 -et és a termofil Rhizomucor miehei et.

Vannak olyan Mucorales gombák, amelyek növényi kórokozóként szerepelnek, beleértve a Mucor circinelloides-t noni gyümölcs sebes kórokozója 17, Rhizopus microsporus kukorica, napraforgó és rizs kórokozója 4, és Rhizopus stolonifer édesburgonya kórokozója 23, de egyikük sem A korábbi vizsgálatokban elemezték és jelentették a genomikai jellemzőket.

Tartalomjegyzék

A gombás növényi kórokozók három különböző életstílusba sorolhatók: necrotrophs, biotrophs vagy hemibiotrophs A gombás kórokozók különböző gombás szaprobák vagy paraziták kolonizációs stratégiákat fejlesztettek ki az ökológiai résektől és a fiziológiai jellemzőktől függően.

Fontos tehát megérteni a növényi patogén különböző formáit genomiális skálán, és ezt a gombák kórokozói életmódját képező funkcionális repertoárok összehasonlításával lehet elvégezni. A növényi patogenitás megértésének általános megközelítései közé tartozik a gazdaszervezethez kapcsolódó funkcionális domének azonosítása, mint például az adhézió, a méregtelenítés, a másodlagos metabolizmus és a 25 jelvezetés, amelyet gombás szaprobák vagy paraziták Pfam 26 vagy a Gene Ontology GO 27 segítségével lehet következtetni.

Ezen túlmenően a szénhidrát-aktív enzim CAZyme 28 profil használható a gombák életmódjának jellemzésére. A gombák királyságának globális CAZyme-vizsgálata azt mutatta, hogy a nekrotróf kórokozóknak több CAZim-je van, mint más ökotípusok, mint például a biotrófok és a szaprobák Érdekes, hogy a biotróf Ustilago maydis- nak rendkívül csökkent a teljes CAZym-ek száma, de a szekretált virulencia faktorok géncsoportjai megtalálhatók a genomjában.

Ez arra utal, hogy a CAZymek nem az egyetlen olyan tényező, amely meghatározza a gombák növényi patogénességét. A szekretált effektorokat is vizsgálták, mivel a növényi patogén gombák kölcsönhatásba lépnek a gazdasejt-halálos gépekkel ezeken az effektorokon keresztül. A patogén-gazda interakcióban a szexuális kommunikáció révén a genom evolúciója fontos a befogadáshoz.

A β-karotin-származékokat, különösen a triszporoidokat, azonosították a partnerek felismeréséért és a korai szexuális differenciálódásért a zygomycetesben Három gén, tsp1, tsp2 és tsp3 kapcsolódik gombás szaprobák vagy paraziták triszporinsav-bioszintézishez, amely 4-dihidrometil-triszporát-dehidrogenázt, 4-dihidrotrisporin-dehidrogenázt és karotin-oxigént kódol.

Az AcaA egy további karotin hasítási oxigenázot kódol, amely a β-karotin hasítási termékére hat, amelyet a tsp3- kódolt oxigenáz Phycomyces -ben készített.

A β-karotin bioszintézise jól konzerválódott a Mucorales-ben, és két gén, a carra és a carB 34 közvetítette. Itt jelentették a növényi patogén Mucorales gomba Choanephora cucurbitarum genomszekvenciáját. Tíz Mucorales és két Glomerales genomot használtunk összehasonlító anyagként: egy Absidiakét Lichtheimiakét Mucoregy Parasitellakét Rhizopuskét Umbelopsis és két Rhizophagus.

A növényi fertőzési stratégiák szempontjából a C.

Népességdinamika Absztrakt A Hymenoscyphus fraxineus-tegy bevezetett ascomycete gomba és az európai hamutartó elsődleges okozati ágensét Fraxinus mandshurica fákon vizsgálták a Távol-Kelet Oroszország Primorye régiójában. Ez a bizonyíték a H. A nagy teljesítményű szekvenálás 49 különálló gombás taxont tárt felamelyek F. A fylloszférás gombák összegyűjtése hasonló volt a helyszíneken, bár nagyrészt földrajzilag távol volt.

Eredmények és vita Genom összeszerelés és gén előrejelzés A koreai zöld squash-ből izolált C. A kiváló minőségű olvasmányok 18, 8 millió 4, 3 milliárd bázis alapján 29, 1 Mbp-os genomot állítottunk össze állvánnyal. A contigek és állványok Nértéke 24, 2 kbp és 27, 9 kbp volt, és a szekvencia lefedettség 81, 3-szoros volt. Az egyes állványok mélységes lefedettsége és GC-tartalmi profilja nem mutatott jelzést a szennyeződések, a szimbionok vagy a paraziták szekvenciáira a végső összeállításban kiegészítő ábra S2.

A Mucorales genommérete 21, 9 Mbp U. Meg kell jegyezni, hogy az R. Összesen 11 fehérje kódoló gént előrejeleztek a C. A Mucorales genomokban a megjósolt gének száma is változott, 9, U. A fehérjehossz-eloszlás a rövid fehérjék enyhe növekedését jelezte aminosav körül aa kiegészítő ábra S3.

Gomba genomika Absztrakt Az elmúlt években az élesztőfajok egyre növekvő skálájából elérhetővé váltak a genomszekvenciák, amelyek jelentős előrehaladást eredményeztek az eukarióták evolúciós mechanizmusainak megértésében.

Az ebben a vizsgálatban használt összehasonlítások összefoglalása az S1 kiegészítő táblázatban található. A bootstrap-alapú elágazó-támasztékokat és a skála-sávot, amely az aminosav helyettesítések átlagos számát mutatja helyenként, bemutatjuk. Aspergillus nidulans- t használtak egy csoportként. Az ismételt tartalmat a RepeatMasker 4. A GenBank-azonosítók minden faj esetében zárójelben vannak feltüntetve. Teljes méretű kép Ortológiai és árva gének Az ortológ géncsaládokat a C.

A génmegosztás mértéke összhangban állt gombás szaprobák vagy paraziták 1. A géncsaládonkénti tagok kevés bizonyítékot szolgáltattak az egész genom duplikációs eseményeiről, amint azt a 19 -es Rhizopus genomokban találtuk, amely összhangban volt a C. A második legnagyobb géncsalád az árva gének 31 tagját tartalmazza, amelyek az F-box domént PF tartalmazzák, amely az gombás szaprobák vagy paraziták proteolízis mechanizmusához kapcsolódik.

Ezek az egyedülálló CAZymek meghatározhatják a szervezet gazdaszervezet specifitását. Érdekes módon az árvafehérjék rövidebbek voltak, mint a teljes proteómban, ahol az árva fehérjék és az összes fehérje medián hossza aa és aa 2.

Ezt az elfogultságot még meg kell magyarázni. Teljes méretű asztal Az effektorjelöltek azonosításához gént tartalmazott, amely a sejteken kívüli szignálpeptidet tartalmaz. Helminthox gyógyszer férgek számára, 97 szekretált fehérje-kódoló gén volt az árva gén, amely potenciálisan gazdaszervezet-specifikus effektorokként működhetett, ahol 84 közülük hiányzott egy ismert funkcionális domén, amely összhangban van az effektorgéneknek ismert funkcionális domének nélküli, meghatározott funkcionális domének nélküli meghatározására A többi 13 gén magában foglalja a proteáz inhibitor domén- és kataláz-domént tartalmazó géneket, amelyek a növényi immunitás elleni védekezésben vettek részt.

Az összehasonlító genomelemzés különböző számú árva gént mutatott, melyek és 8 között mozognak, ami a Mucorales gombák változatos életmódját képviseli, amely az ökológiai fülkékhez igazodik. Az árva gének gyakran nagyon sokszorosultak.

Függelék:Német szavak – Wikiszótár

Például az M. A többszörözött árva gének többségét nem jegyezték fel Pfam vagy CAZymes. Az ortológ csoportok és az árva gének funkcionális megjegyzései az S3 és S4 Kiegészítő táblázatban vannak felsorolva.

Érdekes módon a szekretált fehérjék nagyobb valószínűséggel voltak az árvafehérjék a C. Ez az eredmény arra utal, hogy az effektorgének erős szelektív nyomás alatt állnak, ami gombás szaprobák vagy paraziták variációhoz vezet, mint a többi gén. Ezt a megfigyelést az összehasonlító genomokban is azonosították, kivéve az R. Az árva gének és a szekretált árvafehérjék statisztikai tesztjeit a 2. Ugyanakkor a megismételt Pfam bejegyzések száma hasonló volt 3, a C.

Ezek a megfigyelések arra utalnak, hogy a legtöbb funkciót megosztják, és hogy a kis változatok meghatározzák az életmódját. Az esélyarányokat és a P-értékeket Fisher pontos vizsgálatával számítottuk ki. A P érték levágása 0, 05 volt. Az egyes cellák feltöltéséhez a Z-pontszámok alapján számított értékeket használtunk. Azt jelentették, hogy csak az Actinobacteriumok tartoznak ebbe a tartományba, amely többnyire a Streptomyces spp.

A három nem extracelluláris SSI-szerű fehérjét az endoplazmatikus retikulumra, a mitokondriumokra és a citoszolra szánták, ami azt sugallja, hogy a sejtekben különböző szerepük lehet. Az SSI-szerű fehérjeszekvenciákban clade-specifikus konzervált pozíciók és egyetemesen konzervált pozíciók voltak. Összesen 19 SSI-szerű fehérje szekvenciát 11 a C. A 16 és 12 pozíciókat csak C. Négy cisztein pozíció, amelyek két diszulfidkötést képeznek, minden szekvenciában jól konzerváltak, és pozíciók a 3a.

Ábránami azt jelzi, hogy ezek a diszulfidkötések fontosak a megfelelő szerkezet kialakításához mindkét csoportban Az összes fehérje megőrzött pozícióit világoszöldben kiemelik, és csak a C. NRRL B A fürtözött csomópontokat az egyértelműség érdekében összeomlották. Mindegyik csomópontot UniProt ID-vel jelöltük a megfelelő organizmusnévvel zárójelben.

A fa a FastTree használatával készült az alapértelmezett opcióval. Teljes méretű kép A filogenetikai génfák építésével vizsgáltuk a C. A szomszédos fát a C. Ábra és Kiegészítő S8 ábra. Ugyanezzel az adatállomással épített maximális valószínűségi fa is hasonló csoportosítási mintát támogatott Kiegészítő ábra S9. Annak ellenére, hogy az elágazó csomópontok bootstrap értékei gombás szaprobák vagy paraziták voltak kenet átirat fákban a pontos filogenetikai kapcsolat meghatározásához, a faelemzés azt feltételezte, hogy a C.

Ezek az SSI-szerű paralógok valószínűleg segítenek a gazda immunitásának semlegesítésében, mivel a szubtilizin proteázok funkciók a patogén felismerésében a növényekben Ez a genom CAZym-ot tartalmazott, míg más dikarióta nekrotrofok — CAZym-ot tartalmaztak, átlagosan tel, amint azt korábban jelentették Ismert, hogy a növényi kórokozóknak több CAZim-je van, mint a szaprobák és a 29, es biotrófok, mert be kell lebontaniuk a növényi biomasszát az invázió gyermekek kezelésére alkalmazott helmintikus fertőzés tünetei érdekében.

Tehát ez azt sugallja, hogy nem minden növényi kórokozó kiterjedt a CAZyme modulokkal, és a különböző növényi patogén faktorok, például a szekretált effektor fehérjék 40 eltérő CAZyme profilokat eredményeznének.

A CAZymek számát vízszintes sávok jelzik. Teljes méretű kép A 6. A CE6 család génfája jelezte, hogy a gombás CE6 gének jobban különböztek a növények közös őseitől és a bakteriális gombás szaprobák vagy paraziták href="http://bocskai-sorozo.hu/8588-t-s-koeroemfrgek-gygyszerei.php">Tű és körömférgek gyógyszerei családtól S10 kiegészítő ábra.

Kórokozó-gazdaszervezet kölcsönhatások és bakteriális virulencia gének A kórokozó-gazda kölcsönhatásokban részt vevő gombás szaprobák vagy paraziták a PHI-bázis adatbázisban 42 azonosítottuk homológjaik azonosításával.

Közelebbről, a növényi gazdákhoz monocots vagy eudicotákhoz 1 gén kapcsolódik, és ezekből a génekből kevesebb volt, mint az összehasonlító genomban 1.

Függelék:Német szavak

Összesen PHI bejegyzést osztottak meg mind a 16 genom C. Ezek a közös virulencia gének meghatározzák a mag növényi fertőzését, és nem specifikusak a gazdákra. Négy ismert effektort találtunk a C.

Teljes méretű asztal Szexuális kommunikációs gének a Mucorales és a Glomerales genomokban A triszporoidok és a β-karotin bioszintézishez kapcsolódó gének elemzése feltárta ezen gének megőrzését és eltérését a Mucorales és a Glomerales genomokon. Amint az 5. A karotin-oxigenáz katalizáló β-karotin hasítását kódoló Tsp3 a Mucorales genomokban jól megőrzött, egyetlen példányban, kivéve az R.

Érdekes módon a tsp1 4-dihidrometil- triszporát -dehidrogenáz és a tsp2 4-dihidrotrisporin-dehidrogenáz különböző fokú duplikációkat mutatott a genomokonpéldányban.

Élesztő evolúciós genomika | a természet értékeli a genetikát - Értékeli a genetikát - 2020

A filogenetikai fa azt mutatta, hogy a tsp1- géneket három csoportra osztottuk kiegészítő ábra S12ami arra utal, hogy a tsp1- géneket a tsp2- génekkel ellentétben a funkcionális divergencia megkettőzése céljából kiegészítő S Két R. Ez a megfigyelés arra utal, hogy a nem-β-karotin útvonallal jelzővegyületeket szintetizálnak, amelyet szintén támogat a carB és carra orthologok hiánya ezekben a genomokban. Mindegyik genom esetében négy triszporoid szintézist és két β-karotin szintézishez kapcsolódó gént számoltunk.